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Surveillance de l'usage des antibiotiques en médecine vétérinaire, enquêtes ponctuelles en élevage, surveillance de la résistance bactérienne d'origine non humaine, analyse des risques pour le consommateur : la résistance aux antibiotiques est une problématique transversale à l'Afssa. Elle implique quatre de ses laboratoires, la Direction de l'évaluation des risques nutritionnels et sanitaires et l'Agence nationale du médicament vétérinaire.
Depuis sa création en 1998, l'Agence conduit un programme de surveillance des usages des antibiotiques chez les animaux. Depuis 1999, un suivi national des ventes de médicaments vétérinaires contenant des antibiotiques a été mis en place par l'Agence nationale du médicament vétérinaire, en collaboration avec le syndicat de l'industrie du médicament vétérinaire et réactif. Les laboratoires de Ploufragan et de Lyon mettent également en œuvre des enquêtes ponctuelles, parfois régulièrement reconduites, afin de collecter des données descriptives sur la prescription et l'utilisation des antibiotiques en élevage. Un observatoire de la consommation d'antibiotiques en aviculture a été mis en place et suit mensuellement ces usages.
L'Afssa est également en charge de la surveillance des résistances aux antibiotiques chez les bactéries d'origine non humaine. En fournissant des données sur les tendances et les émergences de résistance chez les bactéries présentes chez l'animal, la surveillance constitue un outil d'aide à la décision dans l'acte de prescription responsable par les vétérinaires ainsi qu'un outil d'information pour les gestionnaires. Ces dix dernières années, l'Afssa a fortement renforcé son dispositif de surveillance et a participé de manière très active à la construction de la démarche de surveillance européenne. Ce travail repose sur les activités de trois réseaux, coordonnés par quatre laboratoires de l'Agence.
- Le Résapath (Réseau de surveillance de l'antibiorésistance des bactéries pathogènes) est coordonné par les laboratoires de Lyon et de Ploufragan. Il collecte les données sur la résistance aux antibiotiques chez des bactéries isolées d'animaux malades dans le cadre du diagnostic vétérinaire.
- Le réseau "Salmonella" recueille des souches de salmonelles d'origine non humaine (isolées de l'alimentation, de l'environnement ou de production animale), envoyées pour sérotypage, pour les soumettre à un antibiogramme. Il est coordonné par le Laboratoire d'étude et de recherche sur la qualité des aliments et des procédés agroalimentaires de Maisons-Alfort.
- Les plans de surveillance annuels mis en place par la Direction générale de l'alimentation, en collaboration avec les laboratoires de l'Agence permettent la récolte, à l'abattoir, des fèces ou caeca d'animaux sains, desquels sont isolées des souches de bactéries sentinelles (E. coli, Enterococcus faecium) ou responsables de zoonoses (Campylobacter sp, et quelques isolats de salmonelles) dans les trois filières bovine, porcine et aviaire.
Sur la base de ces différents travaux, l'Agence publie, tous les deux ans, un rapport "Farm" (French Antimicrobial Resistance Monitoring in bacteria of animal origin), synthétisant les informations issues des programme de surveillance des usages des antibiotiques chez les animaux et des travaux de surveillance de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries isolées chez l'animal (réseaux coordonnés par l'Afssa et plans de surveillance annuels mis en place par la Direction générale de l'alimentation en collaboration avec l'Agence).
L'Afssa conduit également des travaux d'expertise et a ainsi produit plusieurs rapports et avis relatifs à l'antibiorésistance, dont notamment le rapport "Usage vétérinaire des antibiotiques, résistance bactérienne et conséquences pour la santé humaine" (janvier 2006).
Les experts de l'Agence contribuent aux évaluations de risque européennes mises en place par l'Agence européenne de l'évaluation des médicaments et celles pilotées par l'Autorité européenne de sécurité des aliments. L'Agence est membre actif des instances internationales travaillant sur ces questions. Elle préside notamment le groupe de travail sur la gestion du risque dans ce domaine mis en place par la FAO, l'OMS et l'OIE.
Elle a notamment contribué, au plan international et européen, au développement de méthodologies pour établir les priorités en matière d'évaluation et de gestion des risques. Elle participe à la Task Force du Codex Alimentarius sur l'établissement d'une ligne directrice pour l'analyse des risques liés à la résistance aux antimicrobiens d'origine alimentaire. Dans le cadre de la présidence française de l'Union européenne, l'Afssa a également initié la mise en œuvre de différentes actions destinées à prévenir et à lutter contre l'antibiorésistance :
- Un plan stratégique qui a été adopté par les chefs d'agences en charge du médicament (prochainement disponible sur www.hma.eu).
- La mise en place d'un groupe de travail ad hoc européen, présidé par l'ANMV, visant à harmoniser les résumés des caractéristiques des produits (RCP) des médicaments vétérinaires, y compris les antibiotiques existants dans les différents pays européens,
- Harmonisation européenne du suivi des consommations d'antibiotiques, enquêtes sur les conditions de prescription et de délivrance.
Via l'ANMV, l'Afssa a également participé au rapport conjoint sur la résistance aux antibiotiques pour les infections zoonotiques préparé par l'ECDC (1), l'EFSA (2), l'EMEA (3), et le SCENIHR (Présidence du groupe interagences) (4).
Enfin, l'Afssa participe au travaux du Ministère chargé de la santé, dans le cadre du suivi du Plan pour préserver l'efficacité des antibiotiques. En lien avec les ministères chargés de l'Agriculture et de la Santé, l'Agence a participé à la mise en place un comité national vétérinaire pour un usage raisonné des antibiotiques, lancé le 18 novembre 2009, à l'occasion de la journée européenne d'information sur les antibiotiques.

(1) European center for disease prevention and control ; (2) Autorité européenne de sécurité des aliments ; (3) Agence européenne du médicament ; (4) Comité scientifique des risques sanitaires émergents et nouveaux au sein de la Direction santé et Protection des consommateurs de la Commission Européenne

Novembre 2009