En tant qu'organisme d'aide à la décision publique, l'Agence peut être saisie de demandes d'avis sur des textes en cours d'élaboration. Dans le cadre du code de l'environnement, elle doit donner son avis sur les projets de lois et règlements relatifs à l'air ; dans les autres cas, elle peut être consultée.
En 2003, l'Agence a été amenée à formuler un avis sur : 
deux projets de décret portant transposition de la directive européenne relative à l'ozone dans l'air ambiant. L'avis a été rendu le 20 mai 2003 ; un projet d'arrêté relatif aux conditions d'étiquetage des produits antisalissures. L'avis a été rendu le 21 juillet 2003 ; un projet de décret transposant les directives européennes relatives à l'arsenic, au colorant bleu, et aux penta- et octabromodiphényléthers. L'avis a été rendu le 21 juillet 2003 ; un projet de circulaire relative à l'organisation des services du ministère chargé de la santé pour améliorer les pratiques d'évaluation des risques sanitaires dans les études d'impact. L'avis a été rendu le 11 septembre 2003.
S'agissant de l'année 2004, quatre avis ont été demandés à l'Agence concernant :
le projet de circulaire sur la stratégie de maîtrise et de réduction des émissions toxiques pour la santé des installations classées. L'avis a été rendu le 22 avril 2004 ; les projets d'arrêtés ministériels portant modification des arrêtés du 14 mai 1993 et 12 mars 2003 relatifs à l'industrie du verre. L'avis a été rendu le 25 octobre 2004 ; un projet de modification du décret N°53-578 du 20 mai 1953 relatif à la nomenclature des installations classées. L'avis a été rendu le 12 janvier 2005 ; un avant-projet de loi sur l'eau et les milieux aquatiques élaboré à l'issue du débat national sur l'eau conduit en 2003. L'Agence a formulé des observations principalement sur la lutte contre les pollutions diffuses.
