L'Agence contribue à prévenir et lutter contre les maladies animales dominantes et émergentes :
transmissibles à l'homme, directement ou via l'alimentation spécifiques aux animaux touchant les élevages et la faune sauvage
En s'attachant à améliorer la santé animale, elle contribue à la protection de la santé publique : bon nombre de maladies infectieuses humaines ont pour origine des maladies animales.
Au 1er juillet 2010 l'Afssa et l'Afsset ont fusionné pour créer l'Anses, agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail.
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