Par lettre de mission en date du 14 octobre 2005, la ministre de l'écologie et du développement durable et le ministre de la santé et des solidarités ont demandé à leurs inspections générales de conduire une mission conjointe sur les conditions dans lesquelles étaient conduites les expertises de l'Agence française de sécurité sanitaire environnementales (Afsse). Cette étude ne concerne que les expertises, et non les autres activités de l'Agence, notamment celles de recherche.
Le rapport de janvier 2006 est publié ce jour sur le site de la Documentation française accompagné des réponses de l'Afsset.
Ce rapport qui porte sur l'activité d'expertise de l'agence au moment de sa création ex nihilo et de sa montée en charge (années 2002 à début 2005), met particulièrement en exergue : 
Les moyens dont a disposé l'Afsse pour conduire les expertises n'ont pas été, au cours des trois premières années de son fonctionnement, adaptés à ses besoins.
La création des comités d'experts spécialisés a été graduelle et parfois tardive ; certains champs de compétences de l'agence n'étaient pas couverts par un CES. Depuis l'arrêté du 13 juillet 2006 , l'agence dispose de 6 CES nécessaires à son fonctionnement.
L'agence a mis en place - par une démarche volontaire - une norme de qualité en expertise dès sa publication en mai 2003 (NF X 50 - 110) qui ne constitue qu'une recommandation mais dont l'application à l'Afsset, comme dans certaines agences sanitaires, assure une expertise collective, compétente, traçable, indépendante et honnête.
Aujourd'hui, l'Afsse est devenue l'Afsset par adjonction de la santé au travail et les principaux processus clés sont finalisés. Leur conception est conforme à l'état de l'art en matière d'expertise, en l'absence de texte réglementaire de référence. L'Afsset a ainsi publié début 2006 les déclarations publiques d'intérêts de ses experts, vient de lancer un appel à candidature d'experts pour renouveler les membres de ses CES, et les conventions avec le réseau des 21 établissements lui apportant son concours intègrent au fur et à mesure de leur mise à jour les règles qu'elle s'applique.
Les recommandations des inspecteurs généraux de l'IGAS et de l'IGE ont donné lieu à un programme d'action coordonné par la responsable qualité de l'agence et dont la réalisation mobilise l'ensemble de l'équipe de direction. Ce programme a été salué par les inspecteurs dans leurs observations finales.
L'Afsset conduit actuellement les expertises concernant 30 saisines et 8 autres consultations par les pouvoirs publics avec 84 agents, 240 experts extérieurs et une dotation de 18 millions d'€uros.
Le succès du congrès des sociétés internationales d'épidémiologie et d'expologie environnementale organisé par l'Afsset à la Cité des sciences et de l'industrie ces derniers jours confirme la confiance et la reconnaissance de la communauté scientifique envers l'agence.
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